支原体肺炎感染的潜伏期一般为2~3周。也就是说，接触支原体感染者后不立即发病，要过2~3周才可能发病。本病从无症状到严重的间质性肺炎轻重不等，死亡率不高。
病初常以上呼吸道感染的姿态出现，其中有些病人进而发生气管、支气管炎和肺炎。在家庭流行中，约1/3成员发展为肺炎，近1/2为气管、支气管炎，10%仅为咽炎，10%的病人无自觉症状而在体检胸透时被发现，呈无症状性感染。
起病一般起病缓慢，症状较轻，常有发冷、发热，伴有咽痛、头痛、肌肉酸痛、全身疲乏无力等不舒服的感觉。
发热见于80%的病人，体温多在38~39℃，持续时间不等，有的可达2周。
咳嗽、咳痰2~3天后上述症状逐渐加重，并出现明显的呼吸道症状。如咳嗽、咳痰。咳嗽是本病最突出的表现，常呈阵发性、刺激性咳嗽，有时为剧烈的顽固性的干咳，甚至类似于百日咳样的特征。咳嗽常持续2~3周，偶尔会延致数月。无痰或仅咳少量白色黏液性痰，有时咳少量黏液脓性痰。不像细菌性肺炎时咳大量的脓性痰。
胸痛及咯血有的病人咳嗽剧烈，会感到胸部及两肋部疼痛，多持续数周才能缓解。多不咯血，但有时偶尔会出现咳痰带有血丝。
胸闷及呼吸困难肺炎支原体感染可引起严重的间质性肺炎，表现为胸闷、呼吸困难，在合并胸膜炎、胸腔积液时也可有些表现。
肺外症状肺炎支原体感染可引起各系统的并发症，因而出现多种呼吸系统以外的症状，如消化道症状，有食欲减退、恶心、呕吐、腹泻等，并不少见，但程度较轻。少数病人有关节痛和关节炎，多为大关节，且游走不定。晚期部分病人可出现多种皮肤病变，如斑丘疹、多形性红斑，儿童居多，其中少数病人可有溃疡性口腔炎和结膜炎。儿童常有耳痛及鼓膜炎，成人则以鼻窦炎为常见。极少数病人可有周围神经炎及中枢神经系统并发症，如脑膜炎、脑膜脑炎、小脑共济失调及多发性神经根炎，表现为感觉障碍、头痛加重、恶心及喷射状的呕吐、走路不稳等；心肌炎、心包炎表现为心慌、胸闷、气短等。还可发生溶血性贫血。溶血往往见于热退时，或发生于受凉时。还有极少数病人可有弥漫性血管内凝血。上述肺外表现有时也可出现在不伴有支原体肺炎时。
就医时医生体检可发现病人轻度鼻塞、流涕、咽部充血，耳鼓膜常有充血，约15%有鼓膜炎。在儿童，肺炎有鼓膜炎是支原体肺炎的特征之一。颈部淋巴结可触及肿大。少数病人可有多形性红斑、斑丘疹或唇疱疹。胸部查体一般无明显异常体征，约半数病人可听到干性或湿性口罗音，15%的病人发生少量胸腔积液。如合并有其他肺外症状，可有相应阳性体征发现。
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